โรงเรียนนราธิวาส เดิมชื่อว่า “โรงเรียนประจำจังหวัดนราธิวาส” สังกัดกรมสามัญศึกษา กระทรวงธรรมการ ภายหลังจึงเปลี่ยนชื่อเป็น “โรงเรียนนราธิวาส” ก่อตั้งเมื่อใดไม่ปรากฏแน่ชัด  แต่จากสมุดหมายเหตุรายวันของโรงเรียนเริ่มบันทึกแสดงเหตุการณ์ครั้งแรก เมื่อวันที่ 1 สิงหาคม 2456 โดยราชบุรุษอรุณ เหมินทร ครูใหญ่ในสมัยนั้น จึงได้ยึดถือเป็นวันสถาปนาโรงเรียน

สถานที่ตั้งเดิมของโรงเรียนนราธิวาสตั้งอยู่ริมฝั่งแม่น้ำบางนรา บริเวณหน้าพลับพลาที่ประทับในการทอดพระเนตรการแข่งขันเรือในปัจจุบัน (พื้นที่บริเวณนั้นถูกน้ำกัดเซาะลงแม่น้ำไปหมดแล้ว)  ต่อมา นางบำราบ จันทนิกร และ รองอำมาตย์ตรีกลิ่น สุวรรณแพทย์ ได้มอบที่ดินบริเวณหน้าจวนผู้ว่าราชการจังหวัดให้เนื้อที่ประมาณ 23 ไร่เศษ (โรงเรียนนราสิกขาลัยในปัจจุบัน) จึงได้ย้ายไปอยู่ ณ สถานที่แห่งใหม่ เมื่อ ปี 2460 และเริ่มรับนักเรียนระดับมัธยมศึกษาเพิ่มขึ้นจากเดิมซึ่งสอนเฉพาะระดับประถมศึกษา และต่อมา ในปี 2471   ได้ยกเลิกการสอนระดับประถมศึกษาทั้งหมด คงไว้เฉพาะการสอนระดับมัธยมศึกษาอย่างเดียวมาโดยตลอด ต่อมาโรงเรียนได้รับการคัดเลือก ให้เข้าโครงการพัฒนาโรงเรียนมัธยม   ในส่วนภูมิภาค(คมภ.2) ซึ่งจะต้องสอนวิชาชีพด้านต่าง ๆ ให้แก่นักเรียนด้วย โดยเฉพาะอย่างยิ่งวิชาชีพทางการเกษตร   ซึ่งจะต้องใช้พื้นที่จำนวนมาก กรมสามัญศึกษา จึงได้จัดซื้อพื้นที่แห่งใหม่   ตั้งอยู่ ณ หมู่ที่ 7 ตำบลโคกเคียน เนื้อที่ 101 ไร่66 ตารางวา ซึ่งก็คือที่ตั้งของโรงเรียนในปัจจุบันนี้ หลังจากนั้น เมื่อได้มีการก่อสร้างอาคารเรียน และอาคารประกอบอื่น ๆ แล้ว   โรงเรียนก็เริ่มย้ายนักเรียนมาเรียน ณ สถานที่ แห่งใหม่  โดยเริ่มต้นย้ายเมื่อ ปี 2519   และย้ายหมดโดยสมบูรณ์ในปี 2520